Όπως επισημαίνεται στην ενότητα που αναλύει το σκοπό του Ιδρύματος, στο πλαίσιο των τεσσάρων κατηγοριών δωρεών –τέχνη και πολιτισμός, παιδεία, υγεία και κοινωνική πρόνοια– το Ίδρυμα «Σταύρος Νιάρχος» παρέχει, όπου αυτό κρίνεται αναγκαίο, κεφάλαια για την ενίσχυση λειτουργικών εξόδων και προγραμμάτων, καθώς και για κατασκευές κτιριακών εγκαταστάσεων. Το Ίδρυμα πραγματοποιεί δωρεές σε μη κερδοσκοπικούς οργανισμούς και όχι σε φυσικά πρόσωπα.
Το Διοικητικό Συμβούλιο προτείνει στους οργανισμούς που ενδιαφέρονται να υποβάλουν αίτηση προς το Ίδρυμα, να αποστείλουν αρχικά μια σύντομη επιστολή με πληροφορίες σχετικά με τον οργανισμό, το προτεινόμενο πρόγραμμα ή έργο και τον προϋπολογισμό. Δεν υπάρχει χρονικός περιορισμός για την υποβολή των αιτήσεων. Απαντήσεις αποστέλλονται προς όλους τους οργανισμούς που έχουν υποβάλει αιτήσεις εγγράφως. Σχετικά έγγραφα και απαραίτητα δικαιολογητικά μπορεί να ζητηθούν επιπλέον, αν κριθεί αναγκαίο από το Διοικητικό Συμβούλιο.